Avec le moteur à deux cylindres opposés, qui est utilisé pour la première fois dans la nouvelle R 1200 GS, un nouveau système de gestion numérique du moteur BMS-X est également utilisé. Ses caractéristiques principales sont une injection de carburant entièrement séquentielle, une disposition compacte et un poids réduit. La gestion du moteur à base alpha / n avec interface de couple prend en compte une multitude de facteurs. Il permet un contrôle facile du transfert de couple et des caractéristiques de réponse assignées par les caractéristiques du gaz électronique aux différents modes de conduite pour s'adapter à la plus grande variété de conditions aux limites. La base de cette gestion est la quantité d'air aspiré, qui est déterminée indirectement par l'angle d'ouverture et la vitesse de rotation. Le système de commande du moteur forme des valeurs de quantité d'injection et d'allumage coordonnées avec des paramètres environnementaux et de moteur supplémentaires (température du moteur, température de l'air, pression de l'air ambiant) ainsi que des cartes caractéristiques et fonctions de correction mémorisées.
La préparation du mélange est réalisée par injection électronique de carburant via des corps de papillon avec une ouverture de 52 millimètres au lieu des 50 millimètres précédents. De nouveaux injecteurs d'air d'admission délibérément hauts et un silencieux d'admission généreusement dimensionné garantissent une alimentation optimale en air frais et donc un remplissage optimal.
Les soupapes d'étranglement sont chacune actionnées par un moteur électrique sous la forme d'un système de gaz électronique. Les demandes du conducteur sont transmises par le capteur de la poignée des gaz à la commande du moteur entièrement électronique et converties, en fonction du mode de conduite sélectionné, en une position cible de la soupape d'étranglement, qui est ensuite réglée électroniquement.
L'e-gaz de la nouvelle BMW R 1200 GS améliore la maniabilité et optimise la régularité de marche dans la zone proche du ralenti puisque la commande du moteur détecte les différences entre les deux cylindres dans la plage de pression moyenne et compense par une soupape d'étranglement sélective contrôle. Par conséquent, diverses réponses aux gaz (soft, optimal, direct) sont possibles avec l'accessoire optionnel "ASC and driving modes" en fonction du domaine d'application concerné. En raison de la facilité de contrôle améliorée, l'angle de la poignée de commande des gaz pourrait être réduit de 85 à 70 degrés. Cette technologie pourrait également être utilisée avec l'accessoire de confort du régulateur de vitesse en option. Pour la première fois avec une BMW GS, un système de régulateur de vitesse électronique est également disponible en tant qu'accessoire en option pour la R 1200 GS, ce qui rend les longs trajets sur autoroute, par exemple, plus confortables.